認證是一個用來核實產品是否符合某一特定的標準的系統。有機認證服務一般都是由獨立的第三者認證機構提供，即並非生產者(第一者)或消費者(第二者)，以確保認證是公平及公正的。有機認證如同市場上的「Q嘜」標誌一樣，產品的整個生產程序必須符合認證機構所制訂的有機標準，方可獲授權使用認證標誌在市場上銷售。
有機認證不同於一般的認證制度，有機認證強調生產過程多於產品質素，因此有機認證機構一般少有抽查產品作化驗。有機生產，是要在生產足量安全食物的同時，亦要顧及生態環境的影響。而由於有機生產重視生態，有機標準已就施肥、病蟲害防治和產品加工處理的方法及物料作出了規限，從而間接地保證了產品的質素。
認證機構亦會派出檢查員到生產場所，就生產、儲存、加工、處理以至銷售等各範疇作詳細檢查及紀錄，以確保整個生產過程達到標準要求。隨後由專業人士組成的認證委員會負責個案審批，通過審核的生產單位將獲頒證。
有機認證的情況根據本中心發佈的《香港有機食品的消費行為調查報告2015》，有接近七成的受訪者會以產品上的有機標籤或有機認證標籤作為判斷有機產品的憑據，這證明了市民對有機認證有充足的認知，顯示中心對有機認證的推廣有一定的成效。但另一方面，仍然有一部分的市民不懂得如何正確分辨真正的有機產品，所以仍有需要加強有機認證的教育推廣工作。
受訪者判斷有機產品的憑據
調查樣本：過去一年每星期平均到街市、超級市場或其他零售點購買最少一次有機食品的市民
不同食品的有機認證情況